一般申報扣繳時，扣繳義務人最容易混淆的規定包括固定薪資與非固定薪資的認定。台北市國稅局說，只要屬「非每月固定發給」，如三節獎金、醫藥生育等補助費用，扣繳義務人才可按非固定薪資的6%扣繳。
至於像是保險業務員的績效獎金，如果每月都有，只是看表現而影響多寡，則視為薪資所得。
至於法人股東派員擔任董監事，如果股東代表是中華民國境內居住的個人，由於屬兼職薪資所得性質，因此不論法人所領的車馬費、董監事酬勞，給付時扣繳義務人都應按給付額扣取6%所得稅；但如應扣繳稅額不超過2,000元，免予扣繳，仍應併計當年薪資所得開立扣、免繳憑單。
執行業務者的扣繳規定也是實務上常見爭議。國稅局說，如果僱用具有執行業務資格者，所提供的勞務有專屬性，須受服務單位考評，像是土木技師受僱到某營造公司擔任經理，或會計師受聘為公司的會計室主任，則土木技師、會計師與公司屬僱傭關係，支付的勞務報酬也應為薪資所得。
坊間常見的私立補習班，則是國稅局鎖定查緝是否逃漏扣繳的對象。國稅局說，就算私立補習班未依法登記立案，只要已設班招生上課，所支付的房屋租金、教師費用等，仍應由負責人依法扣繳租賃或薪資所得稅款。
北區國稅局曾查獲轄區內一家補習班，94年給付租金共54萬元，卻未依規定扣繳稅款，限期責令補習班負責人補繳應扣未扣稅款、及補報扣繳憑單，並處罰鍰5萬4,000元。
負責人主張雖有給付租金事實，但補習班未立案，應可免扣繳義務，申請復查後，國稅局認為，由於補習班已設班招生上課，屬所得稅法第89條所稱「團體」的範圍，因此支付的租金，應依法扣繳租賃所得稅款，予以駁回。
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